Клуб в Ростове-на-Дону появился в 2003 году. Первый сезон был скомкан, ведь команда собралась буквально в преддверии старта чемпионата России. По настоящему «железнодорожники» заявили о себе в годом позже.
Сезон 2004 года начался с того, что осенью, в рамках подготовки к сезону, БК «Локомотив-Ростов» стал обладателем международного кубка на призы страховой компании Triglav, который проходил в Любляне (столица Словении). Для этого нашему клубу пришлось обыграть в полуфинале хозяев из клуба «Олимпия», а в решающем матче переиграть «Црвену Звезду». Следом ростовчане в контрольном матче едва не победили израильский «Маккаби» — клуб, который последние два года становится лучшим в Европе.